Kitaran haid dikawal dengan amat terperinci. Selama beberapa tahun, penyelidik telah bertelingkah berkenaan system pengurusan mana yang mempunyai kawalan akhir: hipothalamus, pituitari, atau ovari dengan pertumbuhan folikel; tetapi kesemua tiga sistem kelihatannya berinteraksi. Dalam kesemua kejadian, folikel yang membesar mempunyai peranan penting: ia mematangkan lapisa, memberikan suapbalas yang berkenaan kepada hipothalamus dan pituitari, dan mengubah perubahan lendir pada pangkal rahim servix.

Gonadal

Dua hormon seks memainkan peranan dalam pengawalan kitaran haid: estrogen dan progesterone:

• Estradiol memuncak dua kali, semasa pertumbuhan folikel dan semasa fasa luteal.
• Progesterone kekal hampir tiada sebelum ovulasi, tetapi menjadi kritikal semasa fasa luteal dan semasa kehamilan. Kebanyakan ujian bagi ovulasi mengesan bagi kehadiran progesterone.

Selepas ovulasi, corpus luteum — yang terbentuk dari folikel pecah dan kekal dalam ovari — merembeskan kedua-dua estradiol dan progesterone. Hanya sekiranya kehamilan berlaku hormon muncul bagi menghentikan kitaran haid, sementara penghasilan estradiol dan progesterone berterusan. Pengawalan hormon tidak normal mendorong kepada gangguan dalam kitaran haid.

Hipothalamus dan pituitari

Hormon seks ini dibawah kawalan kelenjar pituitari, dan kedua FSH dan LH memainkan peranan penting:

• FSH menggalakkan folikel ovari dalam ovari untuk membesar dan matang.
• LH mecetuskan ovulasi.

Gonadotropin-membebaskan hormon bagi hipothalamus mengawal pituitari, tetapi kedua pituitari dan hipothalamus menerima suapbalas dari folikel.

Kesan kitaran haid pada sistem saraf

Sesetengah wanita dengan pengalaman neurologi mengalami peningkatan aktiviti pada masa yang sama setiap bulan. 80 peratus wanita dengan epilepsi mengalami peningkatan serangan kekejangan berbanding biasa dalam fasa kitaran mereka apabila progesterone menurun dan estrogen meningkat.

Tikus telah digunakan sistem uji kaji bagi menyiasat kemungkinan mekanisma darimana aras hormon steroid seks mungkin mengawal fungsi sistem saraf. Semasa sebahagian kitaran estrous tikus ketika mana progesterone memuncak, paras sel saraf penerima GABA subtaip delta adalah tinggi. Disebabkan penerima GABA merupakan berpotensi memendam pancasinaptik (Inhibitory postsynaptic potential), sel saraf dengan penerima delta lebih tinggi cenderung kurang menembak berbanding sel yang mempunyai sedikit penerima delta. Semasa bahagian kitaran estrous tikus ketika mana paras estrogen adalah lebih tinggi berbanding paras progesterone, jumlah penerima delta merosot, meningkatkan lagi aktiviti sel saraf, yang seterusnya meningkatkan kecenderungan bagi keresahan dan kekejangan.[12]